È perciò fondamentale che venga applicato un metodo di selezione dei progetti con parametri di valutazione oggettivi e che il metodo sia applicato con totale autonomia e indipendenza di giudizio.
Il metodo utilizzato fino al 2005 prevedeva l'analisi di 8 parametri: nel 2006 è stato rivisto ed arricchito di altri due parametri. I criteri per la valutazione sono quindi passati da 8 a 10.
Responsabile dell'applicazione del metodo di selezione dei progetti è il Comitato Tecnico di Mission Bambini che si riunisce settimanalmente per assegnare a ciascun progetto il punteggio con il metodo di seguito indicato.
Il Comitato tecnico assegna a ciascun parametro un punteggio variabile tra 0 e un valore massimo di 10 (si veda la tabella sottoriportata). Valutando la situazione specifica della vita dei bambini beneficiari del progetto, quella del Paese in cui essi vivono e le caratteristiche del progetto è possibile assegnare un punteggio a ciascun parametro e di conseguenza un punteggio totale al progetto. Al termine della valutazione i progetti vengono classificati in ordine decrescente di punteggio e i fondi vengono assegnati ai progetti con punteggio più alto fino al limite della disponibilità dei fondi.
| Parametri di selezione dei progetti | Punteggio massimo |
| 1) Povertà economica e di beni di sussistenza dei bambini | 10 |
| 2) Malattia o handicap dei bambini | 10 |
| 3) Istruzione scolastica dei bambini | 10 |
| 4) Emarginazione sociale dei bambini | 10 |
| 5) Urgenza e gravità dei problemi presenti nella vita dei bambini | 10 |
| 6) Coerenza, chiarezza ed efficacia tra i bisogni dei bambini ed il progetto proposto | 10 |
| 7) Numero di bambini direttamente aiutati | 10 |
| 8) Benefici del progetto sulla comunità locale | 10 |
| 9) Sostenibilità economica e gestionale del progetto | 10 |
| 10) Capacità del richiedente di gestire il progetto | 10 |
| Totale | 100 |
Con questo sistema di analisi, il Comitato Tecnico provvede a esaminare tutte le richieste di finanziamento che pervengono a Mission Bambini e le sottopone all'approvazione del Consiglio di Amministrazione. Per ogni progetto approvato, viene sottoscritto un contratto etico dall'organizzazione locale che ha richiesto l'aiuto, nel quale sono riportati i dati principali del progetto unitamente alle fasi di attività in cui si articola il progetto.
Ove richiesto da esigenze di progetto, per ciascuna fase è prevista l'erogazione anticipata di una quota dei fondi totali assegnati al progetto. L'erogazione della fase successiva è vincolata alla presentazione di un report periodico che si compone di:
- report descrittivo sull'andamento del progetto
- report finanziario sull'utilizzo dei fondi erogati
- report fotografico che mostri i bambini beneficiati e l'efficacia dell'intervento
